それほどないでしょう。そもそも歯科衛生士は国家資格なので、国家資格を合格しているかどうかが問題になってきます。
学生時代の勉強・成績はあまり関係ありません。歯科衛生士という資格を持っているから即仕事ができるというような仕事ではありません。現場でどれほどの知識や技術を発揮できるのかが1番大切です。

もしあなたがこれから勉強することを考えているなら、なぜ夜間部に行くのでしょうか？

仕事と両立したいのなら、確かに昼に比べて授業時間は短いですが、その分だけ学べることが少なくなります。
夜間部の良い点としては幅広い年齢の方がいらっしゃいます。そして、若い人より年配の方の方がモチベーションが高くやる気がある傾向にあります。みんなで頑張ろうという前向き気持ちになる方もいます。

それから、就職活動のときに面接でなぜ？と聞かれることはあるかもしれません。そのときにはしっかり前向きに答えられる回答を用意しておいた方がいいですね。

待遇に大きな違いはありませんが、自分なりに「なぜ？それを選択するのか」ってことはしっかり答えを出すべきでしょう。